新疆阿勒泰畜牧兽医职业学校前身为阿勒泰地区（创建时为专区）农业学校，校址设在原阿勒泰县第一小学所在地位于阿勒泰市团结路，交通便利。1962年秋停办，1965年秋，阿勒泰地区恢复阿勒泰农校，校址设在阿勒泰县红卫公社，是阿勒泰地区一所养殖畜牧兽医类职业中专教育学校。

1980年至1984年由于中专学校调整，停止招生。1987年12月根据自治区新政字[1987]248号文件精神，农校和农机校正式合并成综合性的中等农业学校。1988年校址迁至阿勒泰军分区后勤部（即现址）。1990年根据自治区人民政府新政函[1990]103号文件精神更名为阿勒泰畜牧学校。2006年6月，根据自治区教育厅新教函[2006]37号文件和阿行办发[2006]86号文件精神，将阿勒泰畜牧学校更名为新疆阿勒泰畜牧兽医职业学校。建校四十七年来，学校历经五次搬迁，四次停办，三次撤并，四次更名。学校用汉、哈两种语言授课，是一所以畜牧兽医专业为主的农业综合学校。

从2000年开始，畜牧学校与自治区畜牧科学院职业技能鉴定站共同开展了地区大农口职业技能鉴定工作，对学校即将毕业的学生和社会在职专业技术人员进行职业技能鉴定考核，已有1956名专业技术人员参加了职业技能鉴定，并取得了相应的中、高级资格证书。2003年4月自治区人事厅在我校挂牌设立了“自治区专业技术人员继续教育基地”，2003年自治区畜牧厅根据国家农业部“星火”计划的安排，委托畜牧学校培训北疆、东疆片区七个贫困牧场的牧民，两年共培训牧民800余人。由于出色完成了贫困牧场农牧民培训计划，培训工作成效显著，受到所在牧场领导、当地牧民的赞扬和自治区畜牧厅的表扬。阿勒泰畜牧学校自1960年建立以来，由于种种原因，历经几次搬迁、几次撤并，十分艰难的生存和发展到今天。尽管如此，四十多年来，学校为地区培养了5186名农牧业科技人才，培训农牧业专业技术人员、农牧民、未**人员3689人。

1998年，阿勒泰畜牧学校与新疆农业大学成人教育学院合作建立了阿勒泰函授站。2003年经自治区人事厅批准成立首批自治区级大农口专业技术人员继续教育培训基地和再**培训基地之一。学校教学软硬件齐全，师资力量雄厚，环境优美，2002年被评为自治区级卫生红旗单位；地区级精神文明单位；2003年被地区命名为"花园式"单位。