1987年12月根据自治区新政字[1987]248号文件精神，农校和农机校正式合并成综合性的中等农业学校。1988年校址迁至阿勒泰军分区后勤部（即现址）。1990年根据自治区人民政府新政函[1990]103号文件精神更名为阿勒泰畜牧学校。2006年6月，根据自治区教育厅新教函[2006]37号文件和阿行办发[2006]86号文件精神，将阿勒泰畜牧学校更名为新疆阿勒泰畜牧兽医职业学校。

2003年4月自治区人事厅在我校挂牌设立了“自治区专业技术人员继续教育基地”，2003年自治区畜牧厅根据国家农业部“星火”计划的安排，委托畜牧学校培训北疆、东疆片区七个贫困牧场的牧民，两年共培训牧民800余人。由于出色完成了贫困牧场农牧民培训计划，培训工作成效显著，受到所在牧场领导、当地牧民的赞扬和自治区畜牧厅的表扬。阿勒泰畜牧学校自1960年建立以来，由于种种原因，历经几次搬迁、几次撤并，十分艰难的生存和发展到今天。尽管如此，四十多年来，学校为地区培养了5186名农牧业科技人才，培训农牧业专业技术人员、农牧民、未**人员3689人。

1980年至1984年由于中专学校调整，停止招生。1987年12月根据自治区新政字[1987]248号文件精神，农校和农机校正式合并成综合性的中等农业学校。1988年校址迁至阿勒泰军分区后勤部（即现址）。1990年根据自治区人民政府新政函[1990]103号文件精神更名为阿勒泰畜牧学校。

新2003年经自治区人事厅批准成立首批自治区级大农口专业技术人员继续教育培训基地和再**培训基地之一。学校教学软硬件齐全，师资力量雄厚，环境优美，2002年被评为自治区级卫生红旗单位；地区级精神文明单位；2003年被地区命名为"花园式"单位。