交通部于1999年3月将上海港湾学校成建制划归上海海运学院，成立了上海海运学院东校区，包括上海海运学院继续教育学院（原成人教育学院）、上海船员培训中心、上海港湾学校、上海海运学院高等技术学院港湾教学区，实行三块牌子一套班子的管理体制。根据总院统一部署，2001年12月29日，三块牌子调整为由上海海运学院继续教育学院、上海海运学院高等技术学院。

学校于1980年被教育部命名为“全国重点中等专业学校”，1992年被交通部命名为“全国交通系统规范化中等专业学校”，1993年被上海市政府命名为“上海市重点中等专业学校”，1994年被国家教委评为“国家级重点中专”，1998年学校与浦东新区社会发展局签订协议成立共建委员会。1999年通过了国家级重点中专评估的复查认定，并由交通部直属成建制划归上海海运学院（现上海海事大学）管理。2000年通过国家级重点中专的复评，2003年被上海市教委认定为“百校合格单位”，并通过全国重点中专的重新认定。

学校占地面积64.8亩，建筑面积约3.8万平米，拥有上海市公共实训基地、上海市中等职业学校现代物流骨干教师市级培训基地等，是上海市教育评估协会职成教专业委员会副主任单位。学校于1980年被教育部命名为“全国重点中等专业学校”，1992年被交通部命名为“全国交通系统规范化中等专业学校”，1993年被上海市政府命名为“上海市重点中等专业学校”，1994年被国家教委评为“国家级重点中专”，1998年学校与浦东新区社会发展局签订协议成立共建委员会。

上海港湾学校（shanghai harbor school）是一所综合性全日制公办国家级重点中专，创建于1959年，隶属于上海海事大学。上海港湾学校，隶属于上海海事大学，是一所综合性全日制公办国家级重点中专。学校占地面积64.8亩，建筑面积约3.8万平米，拥有上海市公共实训基地、上海市中等职业学校现代物流骨干教师市级培训基地等，是上海市教育评估协会职成教专业委员会副主任单位。